いろいろ試行錯誤した結果、CarbonCopyClonerのエラーログを見てエラーの出たファイル(/Library/Printers/にあるCanonのBJプリンター関係のファイル数個、iPhotoのoriginalの画像ファイル1個、mozillaのプロファイル1個)を削除することで、無事にクローン化したFW外付HDを起動ディスクにすることが出来ました。とりあえずは320Gを二つのパーティションに分けたうちの一つを起動ディスクに、もう一つを予備にして運用中。新しいiMacに置き換えるという目論見は今のところ無視されています。