CarbonCopyClonerで改めて差分コピーをし、完了したHDをMacBookProに繋いで移行アシスタントで取り込み始めました。なんだかんだで30分もかからないうちに移行完了しました。その後、エクセル・ワード・パワーポイントのファイルがiWorks(Numbers,Pages,Keynotes)で開くようになってしまっていたり、Adobe Reader9が10.4で使っていたバージョンだと10.6では使えないとかでダウンロードし直したりでちょっと手間がかかってしまいました。