せっかくがんばってMovableTypeを使えるようになったのですが、sbが良さそうだったのでそちらに移行してみました。
iBookでは素直に設定できず、ここを参考にやってみたところ、なんとか動いていそうです。テンプレートをいじってもう少し見やすくしたいところですが…。