たぶん、MySQLが二つ動いていたのでmysqld.sockのエラーが出ただろうと言うことで、先に入れたMySQLを止めてMacPortsで入れたMySQL5を動かすことでエラーが出なくなりました。rootのパスワードを設定し、MySQLのデータをコピー(単純には行かなかったのですが…)することで、MacPortsで入れた環境に移行することが出来ました。ただ、何故かCGIがパーミッションエラーで動かなくなってしまい、httpd.confを色々いじってもだめだったのでとりあえずは元の環境に戻すことにしました。